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内蒙古自治区基因诊断研究所、应用解剖研究所、消化病研究所、高血压病研究所和内蒙古全科医学培训中心、内蒙古学校卫生人员培养基地等研究培训机构设在我校。

学校有非直属附属医院13所、临床教学实习医院32所、自治区全科医学教育培训基地15个、公共卫生教学基地39个、药学专业教学基地12个、法医学专业教学基地13个。

包头医学院积极开展国内外交流与合作。与北京大学医学部、首都医科大学、山东大学医学院、西安交通大学医学院等国内多所知名院校建立密切合作关系;与澳大利亚拉筹伯大学合作办学，与英国设菲尔德大学、韩国极东大学、英国北方总院、巴恩思利医院、设菲尔德大学儿童医院建立友好协作医院，聘请部分国内外知名人士为名誉教授。

包头医学院秉承“团结、敬业、求实、创新”的校训，弘扬“艰苦奋斗、自强不息、勤俭奉献”的精神，努力建设成为在国内有一定影响、在少数民族边疆地区同类院校中处于先进水平、办学特色鲜明的医学院校。