地理信息科学专业（原地理信息系统专业）该专业依托南京大学地理与海洋科学学院、南京大学地理信息科学系、国际地球系统科学研究所、地理信息系统与遥感研究所，下设2个专业方向：数字城市方向：运用地理信息系统、遥感、全球定位系统等技术，对城市空间各种要素进行多分辨率、多尺度、多时空和多种类的三维描述、管理和分析。
培养能在数字国土、数字城市的建设和管理中从事各类信息系统的设计、开发和应用工作的专门人才。
资源与环境信息系统方向：培养具有运用地理信息系统、遥感和全球定位系统技术以进行空间数据的获取、管理、处理、分析和应用的能力，能在国土资源、城市及环境规划建设与管理、交通、房地产、基础设施管理等领域从事有关的应用研究、技术开发、生产和行政管理等工作的专门人才。