药学专业药学专业从2003年开始筹建，于2005年挂靠在化学学院开始招收本科生，2007年药学院正式成立，2008年9月药学专业本科生学籍全部转入药学院。
专业培养目标：根据南开大学“公能”素质教育“以德为先，能力为重、全面发展、勇于创新”的核心理念，以“课堂教学、校园文化、社会实践”三位一体的人才培养模式，坚持全员育人、全过程育人和全方位育人，着力培养信念执着、品德优良、知识丰富、本领过硬的高素质专门人才和拔尖创新人才。
本专业按一级学科招收本科生，按“前期趋同，后期分化”的原则实施教学，以知识结构多元化为目标，即学生在前2.5～3年，学好药学、生物、基础医学、化学、语言等基础课程，后1～1.5年学生根据自己的兴趣爱好自由选择药学、药物化学、药物分析、药物制剂和生物药物（非发酵专业）等感兴趣的方向进行学习和研究。
专业主要课程：药物化学、药物分析、药剂学、药理学、生物化学、天然药物学、人体解剖生理学、无机分析化学、有机化学、物理化学、药学综合实验等19门必修课程；另有41余门选修课供学生根据自身情况选择。
我们与化学院、生命科学院和医学院密切合作，以上述课程为基础，把专业分为三个研究方向：药化方向、药剂方向和生物方向，让学生根据自己的兴趣爱好自由选择感兴趣的方向进行学习和研究。
就业方向：毕业后能尽快适应在药物研究、开发、生产、检验、流通和使用等药学领域从事药物前期设计、合成和筛选，药物生产、药物制剂与剂型的设计制备、药物分析及质量监控、药物临床使用和监督管理等方面的科学研究、开发、应用、教学与管理等工作。
2013届毕业生中，有38%的同学进入北京大学、清华大学、南开大学、中科院上海药物所、协和药物所等国内一流高校和科研机构攻读研究生；有10%的同学申请出国深造；就业的同学大多进入葛兰素史克等知名药企或通过公务员考试进入各地药监等部门工作。