生物工程专业是2001年在原有的化学工程与工艺、生物化工、环境科学等专业基础上筹建，于2003年开始招生。
现有微生物理学硕士点和生物化工工学硕士点。
近两年承担科研项目20余项，其中国家自然科学基金3项，铁道部重点课题1项，甘肃省生物技术专项2项，甘肃省自然科学基金项目3项。
获得省部级科技进步二等奖2项，省部级科技进步三等奖2项，发明专利3项。
现有专业教师21人，其中博士生导师2人、硕士生导师12人。
具有博士硕士学位的教师占91%。
毕业生能够在生物工程相关产业（生物化工、生物制品、生物制药、发酵工程、细胞工程、酶工程、食品工程、环境生物工程、生物检测等）行业从事产品研发、工艺设计、生产管理、营销等工作，也可在高校从事科学研究和教学工作。
本专业具有考研优势，年考研率达40%左右。
主干课程：高等数学、线性代数、无机化学与分析化学、有机化学、生物化学、化工原理、生化工程、微生物学、细胞生物学、分子生物学、基因工程、细胞工程、蛋白质工程、微生物工程、发酵工程、生物工程下游技术、生物化学反应工程、生物工程设备及设计、制药工程、酶工程、环境生物工程等。
主要专业方向：发酵工程、食品工程、生物制药