制药工程（兽药方向）专业本专业培养掌握系统的药学专业的基本理论、基本知识和基本技能，能够在兽药生产企业，兽药管理部门，教学与科研系统等领域，从事兽药的生产、研发、制剂加工、经营管理、教学与科研等方面工作的应用型、复合型高级兽药制药工程技术人才。
本专业毕业生主要从事下列工作：有关院校药学教育工作，兽药科研单位新药研究开发工作，药品检验及药品管理工作，各级兽药检验所药品监督检验管理工作，兽药营销工作，兽药制药工业企业技术管理和新产品开发研究、新兽药注册等工作。
制药工程（农药方向）专业本专业为我校特色专业，依托植物保护一级学科博士点、博士后科研流动站、农药学博士和硕士点、农药毒理与应用技术省级重点实验室和农业部认证的农药环境毒性研究中心等，培养具有坚实的化学和生物科学基础知识与基本技能，掌握农药学和植物保护学的理论知识与技能，能够从事与制药工程有关的农药合成、农药制剂加工、制剂分析、农药管理、农药制剂研发、药物残留分析、经营管理及推广应用等工作的宽口径、复合型高级工程技术人才。
毕业生能够在各级农药管理部门，农业植保部门、教学与科研系统，农药生产企业，农药营销企业等领域，从事农药生产、研制开发、制剂加工、制剂分析、农药营销、农药管理、技术推广、教学与科研等工作。